「雅麗氏何妙齡那打素醫院」的歷史源遠流長，可追溯至一百三十多年前。一八八零年代，由前倫敦傳道會(即世界傳道會的前身)發起，一群中西熱心人士正積極籌備一所慈善醫院，採用西方醫學方法，照顧貧苦華人，不分種族，不分宗教，計劃獲何啟爵士捐出全部建築費用得以順利進行，於一八八七年落成啟用，並以何爵士亡妻命名為「雅麗氏利濟醫院」。醫院大樓連地庫合共三層，設有八十張病床、男及女病人的候診室、病房、手術室及殮房等。

醫院由前倫敦傳道會管理，先後發展那打素醫院(一八九三年)、雅麗氏紀念產科醫院(一九零四年)及何妙齡醫院(一九零六年)。於一九二零年代，雅麗氏利濟醫院經搬遷重建後，毗鄰那打素醫院，幾所醫院聳立於香港半山般含道及卑利士道交界，於一九五四年經立法定案後合併為「雅麗氏何妙齡那打素醫院」，並以「雅麗氏何妙齡那打素醫院執行委員會」作為法人團體。

一九六零年代，本會協助籌建位於觀塘的基督教聯合醫院，該院於一九七三年正式投入服務。雅麗氏何妙齡那打素醫院於一九九一年加入醫院管理局，並於一九九七年遷往新界大埔，期間更應政府邀請，協助東區尤德夫人那打素醫院於一九九三年開院。